상가건물 매도할 때는 주거용 주택과는 달리 부가가치세를 납부해야 한다. 하지만 상가건물을 일반양수도로 매매하는 경우와 포괄양수도의 방법으로 매매하는 경우 부가가치세의 납부세액이 달라진다. 그리고 사업자가 상가건물을 매도 전 폐업을 먼저 하는 경우에는 건물분 잔존가액에 대한 부가가치세를 납부해야 한다. 그러므로 각 상황에 따라 부가가치세를 주의해야 한다.
포괄양수도를 통한 상가건물을 매매한 경우
포괄양수도란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 것을 의미한다. 포괄양수도로 인정받으려면 사업을 양도양수할 당시의 업종이 동일해야 한다. 예를 들어 부동산 임대업자로부터 상가건물을 매수해서 양수인이 자가로 사용하면 동일한 업종에 해당하지 않으므로 포괄양수도로 인정되지 않아 부가가치세를 납부해야 한다.
포괄양수를 한 양수자는 양도자의 모든 권리와 의무를 승계한 것이므로 포괄 양수한 범위 내에서 2차 납세의무를 진다. 즉, 양소일 이전에 체납된 세금이나 세무조사 등으로 확정된 세금이 있는 경우 연대납세의무를 지게 되므로 체납여부를 반드시 확인하고 양수해야 한다.
임대사업자가 상가 건물 매매 전 폐업한 경우
임대사업자의 경우 폐업을 먼저 한 다음 상가건물을 매도하면 사업자가 아니므로 부가가치세 신고납부 의무가 사라지는 것으로 생각하지만 사업자에게는 폐업할 때 부가가치세를 정리해야 할 의무가 별도로 있다. 이를 폐업시 잔존재화의 공급의제라 한다.
폐업시 잔존재화의 공급의제란 사업자가 폐업할 때 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 매입세액이 공제된 재화 중 폐업 당시 남아 있는 재화를 자기에게 공급하는 것으로 간주하는 것이다. 즉, 폐업할 때 상가건물의 건물가액 중 부가가치세법상 남아 있는 잔존가액에 대한 부가가치세를 납부하고 폐업을 해야 하는 것이다.
상가건물의 잔존가액은 취득 당시 취득가액에 대해 경과된 1 과세기간에 5%씩 차감하여 계산한다. 1 과세기간이 통상 6개월을 의미하므로 상가건물의 경우 취득한 지 10년이 경과하면 잔존가액이 "0"이 되어 납부할 부가가치세가 없다.